氣相色譜儀在使用過程中要遵循出廠說明書上相關要求進行操作使用，在工作中不僅節約時間而且使工作效率大大提高，減小在實驗過程中帶來的不必要麻煩，延長儀器使用壽命。
1、按儀器說明書的規程操作
驗收儀器時，不僅要清點所有零部件是否齊全，還要檢查儀器說明書是否齊備，并妥善保存這些資料。在獨立操作儀器之前，一定要認真閱讀有關說明書，并嚴格按規程操作。這是做好儀器分析的前提條件，而且一旦儀器出了問題，也好與廠商交涉。
2、準備一份色譜柱測試標樣
色譜柱性能是保證分析結果的關鍵。新買的色譜柱，首先要用測試樣品評價其性能。如果用色譜柱廠商提供的測試條件測試而結果不合格時，就可要求退貨或換貨。更重要的是，此后的使用過程中色譜柱性能會變化，當分析結果有問題時，可以用測試標樣測試色譜柱，并將結果與前一次測試結果相比較，這有助于確定問題是否出在色譜柱，以便于采取相應的措施排除故障。
3、使用純度合乎要求的載氣
載氣一定要用高純級的，以避免干擾分析和污染色譜柱或檢測器。要知道一根色譜柱的價格是一瓶高純氮氣或氫氣價格的20倍以上。如果因為要省錢而用普通氣體作載氣，可能是丟了西瓜揀了芝麻。檢測器用輔助氣體好也用高純級的。雖然在靈敏度要求不高時，可用普通氣體，但其代價可能是檢測器被污染。及時更換色譜柱密封墊。
4、及時更換石墨密封墊
石墨密封墊漏氣是GC常見的故障之一。一定不要在不同的柱上重復使用同一密封墊，即使同一根柱卸下重新安裝時，好也要換新密封墊，這樣能保證更高的工作效率。如果裝上色譜柱后發現漏氣而再更換密封墊，就要花費更多的時間，即使舊墊仍能使用，也要比原來多擰緊一些，弄得不好就會擰斷毛細管色譜柱。
5、定期更換氣體凈化器填料
變色硅膠可據顏色變化來判斷其性能，但分子篩等吸附物的凈化器就不好用肉眼判斷了。所以須定期更換，好3個月更換一次。如果硅膠與分子篩裝在一起，則更換硅膠時也要更換分子篩。
6、使用性能可靠的氣體減壓器
新的減壓器在使用時一定要試漏，在長期的使用過程中也要經常檢漏，這是發現問題的一個好習慣。如果不注意這個問題，輕則造成氣體浪費，重則出現安全問題，到時悔之晚矣。
7、定期更換進樣襯墊
進樣口襯墊漏氣是GC常見故障之一。另外，襯墊的老化降解也會給分析帶來干擾。比如其碎屑掉進汽化室內也可能導致鬼峰。至于多長時間換一次襯墊，則要看所分析的樣品性質和分析條件而定。常規實驗室一般每天更換一個進樣襯墊。無論如何，一個襯墊的連續使用時間不要超過一周。
8、及時清洗注射器
保持注射器清潔能避免樣品記憶效應的干擾。更換樣品時要清洗，用同一樣品多次進樣時也要用樣品本身清洗注射器。一支注射器暫時不用時(比如下班)，更要*清洗，否則殘留其中的樣品可能將針芯粘牢，造成注射器報廢。使用自動進樣器的用戶也應注意此問題，好是經常更換和清洗注射器。
9、定期檢查并清洗進樣襯管
儀器長期使用后，進樣襯管內會有焦油狀物質，這是樣品中的不揮發成分造成的。此外還會有顆粒狀物質積存(隔墊碎屑，樣品中的固體物質)這些都會干擾分析的正常進行。因此要定期檢查，及時清洗。注意，在襯管中填充一些經硅烷化處理的石英玻璃毛，既可提高樣品的汽化效率，又能防止隔墊碎屑進入色譜柱造成堵塞。
10、更換零部件要逐─進行
修理儀器時，不要一次更換多個部件，那樣會造成故障原因的判斷失誤。應該一次更換一件，經測試后再更換另一件。這樣可能更便于準確地判斷故障原因，同時避免不必要的開支。
